寺院には、山号、院号、寺号という３通りの呼び方があります。医王寺は「 鎌田山（かまださん）金剛院（こんごういん）醫王寺（いおうじ）」と称されます。

天平６年〜２０年（７３４〜７４８）聖武天皇の勅命を奉じて、行基菩薩（ぎょうきぼさつ）が当地を訪れ、この地に薬師如来の霊験ありとし、山内の名木で薬師如来の尊像を一刃三礼のもとに敬刻、ご本尊として祀ったのが始まりと伝えられています。 故に医王寺では、行基菩薩が開基と仰がれています。